Pneumocystis jirovecii est un champignon microscopique causant des pneumonies sévères chez les patients immunocompromis (SIDA, transplantation, leucémie, etc.). En l’absence d’un système de culture in vitro, la biologie de ce champignon reste peu connue.
Grâce à de récents développements techniques, nous avons séquencé et sommes en train d’analyser le génome de P. jirovecii (voir collaborations). La génomique comparative a révélé la perte de voies métaboliques chez les différentes espèces de Pneumocystis. Ces découvertes suggèrent fortement que ces champignons sont des biotrophes obligatoires des poumons des mammifères, c’est-à-dire des pathogènes qui extraient leurs aliments sans tuer les cellules de leur hôte.
Nous étudions la variation antigénique de P. jirovecii. Cette variation repose sur une expression mutuellement exclusive d’une famille de gènes localisés dans les sous-télomères des 20 chromosomes du champignon, ainsi que sur le réassortiment des répertoires de ces gènes et leur mosaïcisme grâce à des recombinaisons génétiques.
La génomique comparative a aussi été utilisée pour investiguer le mode de reproduction de P. jirovecii, une caractéristique cruciale puisque la sexualité a lieu dans l’hôte et semble obligatoire. Ces analyses ont abouti à l’hypothèse de travail que le mode de reproduction des espèces Pneumocystis est l’homothallisme primaire, c’est-à-dire que les deux sexes sont présents dans chaque souche.