R&D en génomique et métagénomique

Depuis le 1er février 2012, un laboratoire de génomique a été mis en place à l'Institut. Ce laboratoire vise à améliorer la qualité et la rapidité du séquençage des génomes bactériens et à développer de nouveaux flux bioinformatiques pour assembler, annoter et interpréter rapidement les génomes nouvellement séquencés au bénéfice principal des soins des patients (Greub G 2013; Bertelli & Greub 2013). En plus de la génomique bactérienne, la génomique fonctionnelle (De Barsy et al 2014) et la métagénomique sont deux autres éléments majeurs de l'orientation R&D de ce nouveau laboratoire de diagnostic.

Les différents projets réalisés jusqu'ici visaient principalement à:

• (I) définir des cibles idéales pour le diagnostic moléculaire (Diene et al 2016);
• Ii) étudier la relation entre différentes souches (Bertelli et al 2014; Pillonel et al., 2016) et à identifier des facteurs de virulence (Tagini et al, 2016, Pillonel et al. sous presse).

Comme un tel laboratoire s'appuie largement sur des bioinformaticiens compétents, un cours de niveau master intitulé «Sequence a genome» a été lancé il y a quelques années et forme chaque année de 12 à 24 nouveaux biologistes (Bertelli et al 2015).