L'Institut mène des recherches fondamentales en microbiologie médicale et en recherche appliquée principalement dans le domaine du diagnostic microbien. Des thèmes supplémentaires sont représentés par des recherches associées ou collaboratives.
L’Institut de Microbiologie dispose de lignes de recherche fondamentale en microbiologie médicale englobant la bactériologie, la mycologie et la virologie, de même que de recherche appliquée, principalement dans le diagnostic microbien.
Des thèmes supplémentaires sont représentés par des recherches associées ou collaboratives dans les domaines des infections nosocomiales, de l'hépatite C et E, ainsi que des vaccins contre le papillomavirus humain.