Diagnostic moléculaire

À l'Institut de microbiologie, grâce à un solide processus de recherche et développement, les tests moléculaires sont la plupart basés sur des méthodes "maison" adaptées à une plate-forme entièrement automatisée pour détecter efficacement les acides nucléiques viraux, bactériens, fongiques et parasitaires (Greub et al. 2016). Après 10 années de développement, notre laboratoire propose actuellement 91 PCR en temps réel différentes (42 bactériennes, 32 virales, 9 fongiques et 8 parasitaires). Les tests sont effectués quatre fois par jour, dans un format (semi-) quantitatif. Plusieurs panneaux de tests syndromiques flexibles sont disponibles pour le diagnostic étiologique de la méningite, de l'encéphalite, des infections sexuellement transmissibles, ainsi que des infections des voies respiratoires, pour n'en nommer que quelques-uns. De plus, notre Institut propose une grande variété de PCR spécifiques permettant la détection de bactéries intracellulaires et de micro-organismes fastidieux, comme Bartonella henselae et B. quintana, Chlamydia pneumoniae, C. psitacci et C. trachomatis, Coxiella burnetii, Mycobacterium tuberculosis, Legionella Pneumophila, Mycoplasma pneumoniae et M. hominis, ainsi que Rickettsia spp. En utilisant la PCR en temps réel régulièrement sur divers échantillons nous avons pu passer à une approche par syndrome clinique. Ainsi, un panel de PCR ciblant différents micro-organismes fréquemment impliqués dans une situation clinique donnée peut être testé sur un seul spécimen pendant la même journée.

D'autre part, des PCR conventionnelles à large spectre peuvent être utilisées pour identifier des pathogènes dont les cultures restent négatives. Ceci concerne en particulier des bactéries intracellulaires (ou des champignons) ou difficiles à cultiver, ou lorsque des antibiotiques ont été administrés avant l'échantillonnage.