Laboratoire de Dominique Blanc

Epidémiologie moléculaire des infections nosocomiales

Les infections nosocomiales sont un problème croissant dans tous les pays. Pour prévenir leur apparition, nous devons comprendre leur épidémiologie, notamment leur source et leur mode de transmission. Pour cela, l'utilisation de méthodes de typage moléculaire est nécessaire.

Notre laboratoire est impliqué dans le développement de nouvelles méthodes de typage, leur évaluation pour l'investigation épidémiologique et leur application à des thèmes spécifiques.

• Nous avons développé un concept de typage moléculaire d'espèces bactériennes qui consiste en un séquençage d'un seul brin d'ADN d'environ 500 bps de deux gènes hautement polymorphiques. Ce schéma de séquençage à double locus (DLST) a été développé pour Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa et Clostridium difficile. Un site Web de normalisation de type a été mis en place. Les avantages du DLST sont la haute reproductibilité, même entre laboratoires, et la définition non ambiguë des types, permettant la création de bases de données partagées via Internet.
• Avec le développement du séquençage à haut débit (next gneration sequencing), nous utilisons le séquençage complet de génome (whole genome sequencing) comme méthode de typage pour des investigations épidémiologiques (genomic epidemiology). Notre intérêt se porte notamment sur l'évaluation et l'utilisation de la méthode du whole genome multi locus sequence typing (wgMLST).
• De nombreux exemples d'application du typage moléculaire aux infections nosocomiales se trouvent dans notre liste de publications.

Le Centre National de Référence des Résistances Emergentes aux Antibiotiques (NARA) a pour objectif général d’identifier rapidement les résistances aux antibiotiques émergentes sur le territoire helvétique et de contribuer à en limiter la diffusion. Le NARA contribue à l’analyse moléculaire et biochimique de ces nouvelles résistances et émet des guidelines concernant leur diagnostic et leur identification. Alors que les résistances chez les Gram- sont étudiées dans l’Unité de Microbiologie Médicale et Moléculaire à l'Université de Fribourg (Prof. P. Nordmann), les Gram+ sont étudiées dans notre laboratoire à Lausanne.