Typage moléculaire par DLST

Le typage moléculaire a pour but de comparer l'apparentement génétique des souches bactériennes entre elles afin de déterminer si une chaine de transmission (épidémie) est plausible ou non.  Nous avons développé des méthodes de typage basées sur le séquençage de deux régions hypervariables du chromosome bactérien : le Double Locus Sequence Typing (DLST) pour 3 espèces bactériennes d'importance nosocomiale :

• Staphylococcus aureus
• Pseudomonas aeruginosa
• Clostridium difficile

Pour S. aureus, nous mettons également en évidence le gène mecA (résistance à la méticilline), le type de "Staphylococcal Chromosome Cassette" (SCCmec) et la présence des gènes codants pour la toxine de Panton-Valentin (PVL).

Bon d'examen

Prendre contact avec le laboratoire avant toute demande de typage moléculaire pour préciser les modalités spécifiques.

Prélèvements

Souches bactériennes des trois espèces citées.

Acheminement

Directement au laboratoire. Les envois par poste doivent respecter les consignes de sécurité pour du matériel "biohazard" (UN 3373).

Méthodes d'analyse

La méthode utilisée a été développée dans notre laboratoire. Elle se base sur le séquençage d'environ 300 à 500 paires de bases de deux gènes hypervariables.

Délai d'exécution

Environ 1-2 mois. Prendre contact avec le laboratoire pour une analyse en urgence.

Résultats

Le DLST permet de donner un numéro à chaque nouvelle séquence observée pour les deux gènes analysés. Ainsi, la composition des deux séquences (ou allèles) pour une souche donnée définit le génotype ou le "double locus séquence type". Les résultats seront exprimés de la façon suivante : "la souche X appartient au DLST 2-36", ce qui signifie qu'on a trouvé l'allèle 2 du premier gène et l'allèle 36 du deuxième gène.

Acheminement des résultats

Par email au demandeur.