Science des données biomédicales translationnelles

Ce groupe est dirigé par Pr Raphael Gottardo, directeur du centre et professeur ordinaire à la Faculté de biologie et de médecine de l'Université de Lausanne. Il se concentre sur le développement et l'application de nouveaux outils et méthodes statistiques et computationnelles permettant de résoudre d'importants problèmes biologiques grâce à la modélisation à haute dimension et à l'intégration de données multimodales.

Le professeur Gottardo est un expert mondial dans cette discipline avec plus de 20 ans d'expérience. En termes d’applications, ses intérêts de recherche couvrent un large éventail de domaines tels que l'évaluation de l'immunogénicité des vaccins, la caractérisation des réponses immunitaires aux maladies infectieuses et les immunothérapies contre le cancer.

Ce groupe collabore étroitement avec les chercheurs et cliniciens du Service d’immunologie et allergie, du Département d’oncologie et du Service de dermatologie et vénéréologie  pour n'en citer que quelques uns.  Des collaborations similaires sont en cours d'établissement avec d'autres départements/services dans lesquels des données hautement dimensionnelles sont générées.

• Tian Y, Carpp LN, Miller HER, Zager M, Newell EW, Gottardo R. “Single-cell immunology of SARS-CoV-2 infection”. Nat. Biotechnol. 2022 Jan 40(1): 30–41.
• Moncunill G, Carnes J, Chad Young W, Carpp L, De Rosa S, Campo JJ, Nhabomba A, Mpina M, Jairoce C, Finak G, Haas P, Muriel C, Van P, Sanz H, Dutta S, Mordmüller B, Agnandji ST, Díez-Padrisa N, Williams NA, Aponte JJ, Valim C., Neafsey DE, Daubenberger C, McElrath MJ, Dobaño C, Stuart K, Gottardo R. “Transcriptional correlates of malaria in RTS,S/AS01-vaccinated African children: a matched case–control study”. Elife. 2022 Jan 21; 11:e70393.
• Zhao E, Stone MR, Ren X, Guenthoer J, Smythe KS, Pulliam T, Williams SR, Uytingco CR, Taylor SEB, Nghiem P, Bielas JH, Gottardo R. 2021. “Spatial transcriptomics at subspot resolution with BayesSpace”. Nat. Biotechnol. 2021 Nov 39(11):1375-1384.
• Amezquita RA, Lun ATL, Becht E, Carey VJ, Carpp LN, Geistlinger L, Marini F, Rue-Albrecht K, Risso D, Soneson C, Waldron L, Pagès H, Smith ML, Huber W, Morgan M, Gottardo R, Hicks SC. “Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor”. Nat. Methods. 2020 Feb 17(2); 137–145.
• Finak G, McDavid A, Yajima M, Deng J, Gersuk V, Shalek AK, Slichter CK, Miller HW, McElrath MJ, Prlic M, Linsley PS, Gottardo R. “MAST: a flexible statistical framework for assessing transcriptional changes and characterizing heterogeneity in single-cell RNA sequencing data”. Genome Biol. 2015 Dec 10; 16:278.

- CoVICIS : pour relever les défis associés aux variants à suivre du SARS-CoV-2, ce programme de recherche multicentrique propose une approche globale avec une puissante plateforme virologique et immunologique couplée à de grandes études de surveillance génomique et à diverses cohortes de l'Union européenne et de l'Afrique subsaharienne.

- Human Immunology Project Consortium (HIPC) : ce programme a été créé en 2010 par la Division des allergies, de l'immunologie et de la transplantation du National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) dans le cadre de l'orientation globale de l’institut sur l'immunologie humaine. Grâce à ce programme, des cohortes humaines bien caractérisées sont étudiées à l'aide d'une variété de tests multiparamétriques et d'outils analytiques modernes. Toutes ces données sont alors partagées sur le portail et moteur d'analyse ImmuneSpace qui a été développé en partie par le professeur Raphael Gottardo et son équipe.