Après ses études débutées à l'Université de Fribourg d'où il est originaire et poursuivies à l'Université de Lausanne, le Dr Sébastien Déglise y obtient son diplôme de médecine en 2001 puis son titre de doctorat en 2005. Il s’est ensuite formé en chirurgie générale et en 2008, il obtient le titre de spécialiste ISFM/FMH en chirurgie. Il s’est spécialisé ensuite en chirurgie vasculaire et a obtenu son diplôme suisse et européen de spécialiste en chirurgie vasculaire en 2010.
Il a ensuite accompli une formation approfondie au CHU de Bordeaux en France, notamment dans le domaine de la chirurgie carotidienne et de la chirurgie endovasculaire, particulièrement pour le traitement des anévrismes de l'aorte et de l'artériopathie périphérique. Il a notamment été l'un des instigateurs de la mise en place de la première endoprothèse fenestrée implantée en Suisse en 2011.
En parallèle de son activité clinique, le Dr Déglise a développé en collaboration avec un laboratoire de biologie moléculaire des projets de recherche dans le domaine de la chirurgie vasculaire, particulièrement dans le domaine de l'hyperplasie initiale. Les thèmes de recherche concernent les systèmes ex vivo de perfusion de veine et des modèles in vivo de contrôle du flux par ligature de vaisseau. Ses projets de recherche ont fait l'objet d'une demande de subsides au Fonds national suisse de la recherche scientifique (FNS). Il a publié une dizaine d'articles originaux et quelques chapitres de livres dans des revues scientifiques internationales. De plus, il a présenté plusieurs conférences dans le domaine clinique et de recherche dans des Congrès nationaux et internationaux.
Le Dr Sébastien Déglise est membre de la Société suisse de chirurgie et de la Société européenne de chirurgie vasculaire et il est titulaire de la Certification européenne en matière de chirurgie vasculaire.