Le SMPP intervient dans les services médicaux et les unités psychiatriques des prisons vaudoises, qui fonctionnent comme des centres de consultations ambulatoires. Aujourd'hui, cinq prisons sont en activité dans le canton, représentant environ 900 détenu-e-s.

Les services médicaux des prisons du Bois-Mermet (hommes en détention préventive), de La Tuilière (femmes soumises à tous les régimes d'incarcération), ainsi que le service médical de l’Établissement de détention pour mineurs et jeunes adultes « Aux Léchaires » (filles et garçons dès 10 ans et jeunes adultes jusqu’à 25 ans en détention préventive et exécution des peines) constituent le pôle du Léman. Les services médicaux des prisons de La Croisée (hommes en détention préventive) et des Établissements de la Plaine de l'Orbe (hommes en exécution de peine) constituent le pôle d'Orbe. A cela s’ajoute la Consultation ambulatoire Claude Balier, à Cery (patient-e-s sous mandat de justice, pour des problèmes de sexualité transgressive).

Deux unités de psychiatrie en milieu pénitentiaire y sont associées : l'une est située à la prison de la Croisée, l'autre aux EPO. Ces deux unités fonctionnent comme des centres de traitement de jour.

Visant à organiser les soins dans les prisons vaudoises, prévenir les risques d'atteintes de la santé (notamment liés à la transmission des maladies infectieuses), et contribuer à la réinsertion des personnes détenues (en œuvrant à la continuité des soins avec les institutions de la société civile), les missions du SMPP ont été définies selon les axes suivants :

1. Répondre aux besoins en matière de prise en charge psychiatrique des détenus condamnés ou astreints à une mesure thérapeutique, y compris les populations spécifiques.
2. Développer un système de soins coordonnés selon le modèle de la médecine de premier recours, y compris pour les populations spécifiques.
3. Répondre aux besoins de santé des personnes privées de liberté présentant des addictions.
4. Développer les actions de prévention (primaire, secondaire et tertiaire) et de promotion de la santé.
5. Réaliser une évaluation épidémiologique des pathologies rencontrées en milieu carcéral en vue d’adapter l’offre de soins.
6. Assurer la continuité des soins à la sortie des personnes privées de liberté avec les circuits de soins médicaux extérieurs à l’institution pénitentiaire.
7. Développer la formation, l'enseignement et la recherche, tant au sein des équipes pénitentiaires qu'en milieu universitaire.
8. Améliorer et optimiser l'utilisation des ressources.

Pour remplir ces missions, le SMPP s'appuie sur 60 collaborateurs environ, de différentes professions: médecins psychiatres et internistes, infirmiers, psychologues, ergothérapeutes, TRM et secrétaires. Les prestations de ces équipes sont complétées par des contrats de collaboration avec d'autres professionnels: physiothérapeutes, orthopédiste, gynécologue, dentiste ou ophtalmologue.

Ce dispositif permet au service d'assurer une bonne coordination avec le réseau sanitaire de proximité et d'assurer le transfert des détenus vers les centres de soins spécialisés dans des conditions optimales lorsque leur état de santé le nécessite.

Le SMPP dispose d'une consultation spécialisée dans la problématique des conduites sexuelles transgressives ou à risques transgressifs. Celle-ci propose des traitements psychiatriques et psychothérapeutiques pour les personnes soumises ou non à une injonction légale de soins. Ce suivi ambulatoire peut être prodigué dans le cadre d'une libération provisoire avant jugement ou conditionnelle dans le cadre de l'exécution de la peine. Il peut être poursuivi lorsque la personne est libérée de toute obligation légale.

Cette consultation est également ouverte aux adolescents dès l'âge de 15 ans disposés à suivre un traitement individuel ou dans le cadre d'un mandat judiciaire, qu'ils soient mis en cause ou condamnés pour une infraction à caractère sexuel. Elle se trouve dans les locaux du siège administratif du service sur le site de Cery.