Le CHUV est un service de l'Etat de Vaud rattaché au Département de la santé et de l'action sociale (DSAS). Son statut est réglé par la loi sur les Hospices cantonaux du 16 novembre 1993 (RSV 810.11) et son règlement d’application.
En sa qualité de chef de service, le directeur général du CHUV est subordonné au chef du DSAS. Ce dernier préside la délégation du Conseil d’Etat aux affaires hospitalo-universitaires ainsi que le Conseil du CHUV. Le CHUV applique les décisions du Conseil d’Etat et du chef du Département de la santé et de l’action sociale.